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| 化学信息学 | | 自由软件 | - Avalon化学信息学工具包
- Bioclipse（英语：Bioclipse）
- Blue Obelisk（英语：Blue Obelisk）
- Chemistry Development Kit（英语：Chemistry Development Kit）
- ECCE（英语：Extensible Computational Chemistry Environment）
- JOELib（英语：JOELib）
- OELib（英语：OELib）
- Open Babel（英语：Open Babel）
- RDKit（英语：RDKit）
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| | 专有软件 | - Canvas（英语：Schrödinger, Inc.）
- Chemicalize（英语：Chemicalize）
- Discovery Studio（英语：Discovery Studio）
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| 化学动力学 | | 自由软件 | - APBS（英语：APBS (software)）
- Cantera（英语：Cantera (software)）
- KPP（英语：Kinetic PreProcessor）
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| | 专有软件 | - Autochem（英语：Autochem）
- Chemical WorkBench（英语：Chemical WorkBench）
- CHEMKIN（英语：CHEMKIN）
- COSILAB（英语：COSILAB）
- DelPhi（英语：DelPhi）
- Khimera（英语：Khimera）
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| 分子建模和可视化 | 分子图形系统列表（英语：List of molecular graphics systems） | 自由软件 | - Ascalaph Designer（英语：Ascalaph Designer）
- 阿伏伽德罗
- BALL（英语：BALL）
- Biskit（英语：Biskit）
- Gabedit（英语：Gabedit）
- Ghemical（英语：Ghemical）
- Jmol（英语：Jmol）
- Molekel（英语：Molekel）
- PyMOL
- QuteMol（英语：QuteMol）
- RasMol（英语：RasMol）
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| | 专有软件 | - Abalone（英语：Abalone (molecular mechanics)）
- ACD/ChemSketch（英语：ACD/ChemSketch）
- Atomistix ToolKit（英语：Atomistix ToolKit）
- ChemDraw（英语：ChemDraw）
- ChemWindow（英语：ChemWindow）
- EzMol（英语：EzMol）
- GAUSSIAN
- Maestro（英语：Schrödinger, Inc.）
- MarvinSketch
- MarvinView
- MODELLER（英语：MODELLER）
- MOE（英语：Molecular Operating Environment）
- SAMSON（英语：SAMSON）
- Spartan（英语：Spartan (chemistry software)）
- UCSF Chimera（英语：UCSF Chimera）
- VMD
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| 分子对接（英语：Docking (molecular)） | 蛋白质—配体对接软件列表（英语：List of protein-ligand docking software） | 自由软件 | - AutoDock（英语：AutoDock）
- AutoDock Vina
- FlexAID（英语：FlexAID）
- rDock（英语：rDock）
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| | 专有软件 | - Glide（英语：Glide (docking)）
- LeDock（英语：LeDock）
- MOE（英语：Molecular Operating Environment）
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| 分子动力学 | | 自由软件 | - CP2K（英语：CP2K）
- GROMACS
- LAMMPS
- OpenMM（英语：OpenMM）
- PLUMED（英语：PLUMED）
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| | 专有软件 | - Abalone（英语：Abalone (molecular mechanics)）
- AMBER
- CHARMM
- CPMD（英语：Car–Parrinello molecular dynamics）
- Desmond（英语：Desmond (software)）
- GROMOS（英语：GROMOS）
- NAMD（英语：NAMD）
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| 量子化学 | | 自由软件 | - ABINIT（英语：ABINIT）
- ACES（英语：ACES (computational chemistry)）（CFOUR）
- AIMAll
- BigDFT（英语：BigDFT）
- COLUMBUS（英语：COLUMBUS）
- CONQUEST（英语：CONQUEST）
- CP2K（英语：CP2K）
- Dalton（英语：Dalton (program)）
- DIRAC（英语：Dirac (software)）
- DP code（英语：DP code）
- FLEUR（英语：FLEUR）
- FreeON（英语：FreeON）
- MADNESS（英语：MADNESS）
- MOPAC（英语：MOPAC）
- MPQC（英语：Massively parallel quantum chemistry）
- NWChem（英语：NWChem）
- Octopus（英语：Octopus (software)）
- OpenMolcas（英语：MOLCAS）
- PARSEC（英语：PARSEC）
- PSI
- PyQuante（英语：PyQuante）
- PySCF（英语：PySCF）
- Quantum ESPRESSO（英语：Quantum ESPRESSO）（PWscf）
- RMG（英语：RMG (program)）
- SIESTA（英语：SIESTA (computer program)）
- VB2000（英语：Valence bond programs）
- YAMBO code（英语：YAMBO code）
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| | 专有软件 | - ADF（英语：Amsterdam Density Functional）
- AMPAC（英语：AMPAC）
- DMol3（英语：DMol3）
- CADPAC（英语：CADPAC）
- CASINO（英语：CASINO）
- CASTEP（英语：CASTEP）
- CPMD（英语：Car–Parrinello molecular dynamics）
- CRUNCH（英语：Valence bond programs）
- CRYSTAL（英语：CRYSTAL (software)）
- Firefly（英语：Firefly (computer program)）
- GAMESS (英国版)（英语：GAMESS (UK)）
- GAMESS (美国版)
- GAUSSIAN
- Jaguar（英语：Jaguar (software)）
- MOLCAS（英语：MOLCAS）
- MOLPRO（英语：MOLPRO）
- ONETEP（英语：ONETEP）
- OpenAtom（英语：OpenAtom）
- ORCA（英语：ORCA (quantum chemistry program)）
- PLATO（英语：PLATO (computational chemistry)）
- PQS（英语：PQS (software)）
- Q-Chem（英语：Q-Chem）
- Quantemol（英语：Quantemol）
- Scigress（英语：Scigress）
- Spartan（英语：Spartan (chemistry software)）
- TeraChem（英语：TeraChem）
- TURBOMOLE（英语：TURBOMOLE）
- VASP
- WIEN2k（英语：WIEN2k）
- XMVB（英语：Valence bond programs）
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| 键线式绘图 | | 自由软件 | - JChemPaint（英语：JChemPaint）
- Molsketch
- XDrawChem（英语：XDrawChem）
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| | 专有软件 | - ACD/ChemSketch（英语：ACD/ChemSketch）
- BIOVIA Draw（英语：ISIS/Draw）
- ChemDoodle
- ChemDraw（英语：ChemDraw）
- ChemWindow（英语：ChemWindow）
- JME分子编辑器（英语：JME Molecule Editor）
- MarvinSketch
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| 其它 | - Aqion（英语：Aqion）
- Eulim（英语：Eulim）
- EXC code（英语：EXC code）
- GenX
- GSim
- Mercury（英语：Mercury (crystallography)）
- CrystalExplorer（英语：CrystalExplorer）
- ICM（英语：Internal Coordinate Mechanics）（ICM浏览器）
- Materials Studio
- Molden（英语：Molden）
- OpenChrom（英语：OpenChrom）
- SASHIMI
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